系统性红斑狼疮的药物治疗有以下几种：
   (1)非甾体类抗炎药  在系统性红斑狼疮的治疗过程中，大多用于有发热、关节酸痛、肌痛、乏力等症状，而无明显内脏或血液系统受影响的轻症病人。正确地使用此类药物能缓解症状，减少肾上腺皮质激素的用量及其副作用。布洛芬、怡美力、莫比可、双氯芬酸钠(包括扶他林、戴芬、英太青、奥斯克、双氯灭痛等)、荼普酮等都可以选择应用。但本类药物有消化道反应、肾脏损害、肝酶升高等不良反应，疗程不宜过长。对系统性红斑狼疮肾病病人应慎用，以免加重肾脏损害。 
   (2)抗疟药  抗疟药氯喹和羟氯喹，具有抗炎、免疫抑制、抗光过敏和稳定核蛋白的作用。尤其适用于系统性红斑狼疮病人的低热、关节炎、皮疹，并有减缓和稳定狼疮非致命性病变进展的作用。如与泼尼松(强的松)同用，则可减少泼尼松的剂量。以关节炎症状为主者，可与非甾体类抗炎药同用。常用剂量为氯喹0.25克，每日1次服；羟氯喹0.2～0.4克，每日分1～2次服。部分病人每周服5天即可。待症状控制后，可改为隔天服药，或每周服2天维持。一般在服药后1～2月达到疗效高峰。由于抗疟药物排泄慢，组织亲和性强，尤其在眼，引起角膜沉积和视网膜病变，如及时停药可以逆转。一般应服药后每隔6个月作一次眼科检查。 
   (3)肾上腺皮质檄素  为治疗系统性红斑狼疮的主要药物，具有强力的抗炎、抗增生及免疫抑制作用。适用于急剧发病的多系统受损的狼疮、其他方法不能控制的非感染性狼疮高热、明显血细胞减少、肾炎、中枢神经系统病变、间质性肺炎及重度。肾上腺皮质激素的用量、给药途径及疗程，需根据病人的病情轻重、全身状况、合并用药及对治疗的反应而定。一般为泼尼松(强的松)每日每千克体重0.5～2毫克。当急性活动性系统性红斑狼疮在临床上和血沉、蛋白尿、溶血等实验室指标得到良好控制后，即可考虑减量。经6～12个月的治疗后，大多数病人可减至每日少于15毫克，然后以最小量每日5～7．5毫克维持，必要时可与氯喹或羟氯喹合用。关于激素的给药时间，一般在急性期或活动期以总量分3～4次，每6～8小时给药1次为好，病情稳定时，可集中在每晨1次服用。对于急性重症病人，可用甲泼尼龙(甲基强的松龙)静脉冲击疗法：一般每日静滴1克，在3小时内滴人，连续2～3天或隔日一次，连续2～3次为一疗程。冲击治疗可有短期加强激素作用的效果。冲击给药时仍应口服一般剂量或原用剂量，停止冲击后继续原服用量。本疗法主要并发症为感染，因此有感染和极差者不宜采用此法。此外，滴注过快可导致反应性关节病，甚至引起心律紊乱而
死亡。 
   (4)免疫抑制剂  用于治疗系统性红斑狼疮的免疫抑制剂有：环磷酰胺、硫唑嘌呤、苯丁酸氮芥(又称CBl348)、甲氨喋呤、长春新碱和环孢素(环孢菌素人)等。常用于重症和难治性系统性红斑狼疮，如狼疮性肾炎和中枢性狼疮。狼疮性关节炎几乎不需要这类药物治疗，除非极少数有破坏性关节炎者，则可选用甲氨喋呤。
   此外，尚有一些与免疫学有关的治疗方法，如血浆置换和免疫吸附疗法、大剂量免疫球蛋白静脉冲击治疗、白细胞置换疗法等，尚处于研究阶段。
   中药已广泛地应用于治疗系统性红斑狼疮，多按辨证论治进行。单味药物目前以雷公藤多用。雷公藤多苷片每次 10毫克，一日3次，对轻症系统性红斑狼疮的关节痛、肌炎、蛋白尿都有一定疗效，但停药后易复发。