病理变化涉及全身多种脏器。最常见者为广泛中小血管炎性改变。全身各系统的结缔组织发生纤维蛋白样变化，如心内膜（疣状增生）、心肌、横纹肌，浆膜（胸膜、心包膜、腹膜）、肾小球、脾、皮肤、淋巴结等均可查见。各处小动脉的病变非常明显，脾脏小动脉周围可见环状纤维增生，肾小球毛细血管基底膜增厚，上皮细胞及内皮细胞增殖，重者发生坏死。狼疮肾炎病理变化可分为，局灶增殖型、弥漫增殖型、膜型和系膜型四大类型。皮肤血管周围可见淋巴细胞浸润。免疫荧光检查，可见免疫球蛋白和补体在表皮和真皮间沉积，以ＩｇＧ、ＩｇＭ、C1g、C4和C3为主。肺部可见透明样变、肺泡壁增厚。肝内有淋巴细胞和浆细胞浸润。心瓣膜可见纤维样增生和疣状变化，心肌有局灶性纤维样变性、坏死和萎缩。肿大的淋巴结内常见坏死灶。神经系统无特殊性改变，可见小血管炎，血管内有微小栓塞血管壁坏死，有广泛的ＩｇＧ及补体沉积。各种病理组织内可找到与狼疮细胞类似的所谓"苏木素小体"（Ｈemaｔoxylin ｂodies），它们是染成紫色的无定型物体，似系细胞核经过变性后的残余物。