主要由尿路解剖或功能异常引起，包括结石、肿瘤、前列腺肿大，以及神经性膀胱功能障碍等。由于排尿不畅，膀胱残余尿量增多，有利于细菌的滋生和繁殖；梗阻以上部位组织所受压力增加，影响了组织的血供和正常的生理功能，降低了粘膜的抵抗力故易发生感染。发生率较无梗阻者高12倍。 

膀胱三角区肌肉先天畸形、缺陷、无力；或膀胱炎时膀胱三角区粘膜下充血及水肿使收缩无力；或膀胱三角区肌张力降低时均可使膀胱收缩时使尿液自膀胱返流至输尿管和肾脏。膀胱输尿管逆流被认为在非梗阻性尿路感染中起重要作用。 

女性的发病率为男性的10倍，且好发于婴幼儿和婚育期的妇女，这与女性尿路解剖生理有关。 

从尿道插入导管至膀胱，常使细菌推入膀胱；细菌还可通过导管腔进入膀胱，或沿导尿管与尿道粘膜之间的粘液层向上移行至膀胱。一次导尿，尿感发生1%～3%，留置一天尿感达50%，留置3～4天尿感可达90%以上。膀胱镜检查和逆行肾盂造影，均易引起尿感。 

肾发育不全、多囊肾、海绵肾、蹄铁肾、双肾盂或双输尿管畸形及巨大输尿管等均易发生尿路感染。 

如尿道旁腺炎、尿道憩室炎、妇科炎症、包皮炎、前列腺炎，均易引起尿路感染。 

糖尿病、高血压、慢性肾脏疾病、低血钾及高血钙等疾病，长期使用皮质激素或免疫抑制剂的病人，尿路感染的发病率较高。