(1)管理双糖酶缺乏的孩子，吃含双糖(包括蔗糖、麦芽糖、乳糖)的加重，大便水样，酸碱度(pH)降低，由于酸性大便刺激，容易发生尿布皮炎。通过测定大便双糖含量可确定诊断。这些孩子可食用不含双糖的，如豆浆奶(即鲜豆浆加10%或15%葡萄糖)。因人乳和牛乳乳糖含量较高，所以乳糖酶缺乏的孩子不能吃人乳或牛乳。如将人乳或牛乳做成酸乳，乳糖含量下降，可以食用。乳糜泻的孩子不能吃麦类，因各种麦类均含麦醇溶蛋白，应该改食动物乳、米类、鸡蛋、瘦肉及豆类。牛乳过敏的孩子最好改吃人乳，因为几乎所有孩子都能耐受人乳，不需顾及人乳过敏问题。牛乳过敏可自然缓解，所以停喂牛乳6个月后，可再试喂牛乳，这样做可判定牛乳过敏状态是否已经消失。
(2)供给足够热量和蛋白质为防止迁延性和慢性的发生，有人提出急性孩子不要采用饥饿疗法(即限制加静脉补液)，应继续喂养，尤其是低下的孩子。因为静脉补液或口服补液热量均低，蛋白质不足，所以损害的肠粘膜无法更新或修复。小肠吸收潜力很大，急性时仍有50%以上的可以吸收。有报告指出：急性患儿继续喂养，较少发生严重。慢性患儿，肠粘膜广泛损害，可用要素喂养。要素含有氨基酸、葡萄糖、中链脂肪、、和微量元素，这种不经胃肠消化，小肠即可全部吸收，是慢性孩子最理想的治疗。如果要素还不能耐受，可用全静脉高，即将各种物经静脉输入人体。全静脉高并发症多，价格昂贵并抑制损害肠粘膜的修复，所以应用受到限制。
(3)补充微量素供给锌、铁、A、B12和叶酸等微量素可加快肠粘膜更新和修复，促进免疫功能恢复。
(4)分离出病原微生物的患儿可根据药物敏感试验结果选用药物。如患梨形鞭毛虫病的孩子可口服灭滴灵15毫克/公斤体重/日，均分3次，连服7天。
