可由不同的病因引起，如感染、化学刺激、物理性损伤、肿瘤等，造成食管下端括约肌功能障碍，经常处于松驰状态，因此引起反复、持久、多量胃食管反流。一些原因可造成扩约肌松驰，如饮酒、吸烟、饱餐、摄入脂肪或巧克力，胃肠插管或食管贲门手术后，腹内压增高，胃潴留等，均可导致胃食管反流。胃酸与胃蛋白酶是反流物中损害食管粘膜的主要成份，当胃液pH<4能使胃蛋白酶具有水解活性，引起，十二指肠液也反流致食管粘膜损害，也称为碱性反流性，反流物含有胆汁、胰液，特别是胰液中的卵磷脂，可经磷脂酶A作用而形成溶血卵磷脂，尤其是老年人胃酸分泌减少或胃酸缺乏，出现胃食管反流时，较多见。